Trước đây, xã Mỹ Quới thuộc huyện Thạnh Trị.

Ngày 1 tháng 4 năm 2003, Chính phủ ban hành Nghị định 31/2003/NĐ-CP[2]. Theo đó, thành lập xã Mỹ Bình trên cơ sở 2.107 ha diện tích tự nhiên và 4.925 người của xã Mỹ Quới.

Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, xã Mỹ Quới còn lại 2.924,99 ha diện tích tự nhiên và 8.014 người.

Ngày 31 tháng 10 năm 2003, huyện Thạnh Trị được chia thành hai huyện Thạnh Trị và Ngã Năm[3], xã Mỹ Quới thuộc huyện Ngã Năm.

Từ ngày 29 tháng 12 năm 2013, xã Mỹ Quới thuộc thị xã Ngã Năm như hiện nay.[4]